Merkezî Asya ülkelerine İslâm’ın yayılması farklı tarihlerde gerçekleşmiştir.  Bölgenin geniş olması, siyasi açıdan bir o kadar da karmaşık olması sebebiyle İslâm dininin Uygurlara veya başka bir deyişle Doğu Türkistan’a ulaşma yolları ve zamanı hakkında birbirinden farklı görüş mevcuttur. Mekânsal olarak baktığımızda, genellikle kara ve deniz yolu olmak üzere iki koldan gerçekleştiği yönündedir. Kara yolu dediğimizde daha çok eski İpek yolu güzergâhı dikkate alınmıştır. Deniz yolu güzergâhından bahsederken, Doğu Türkistan’a İslâm dininin Çin’in deniz kıyısındaki bölgelerine gelen Müslüman tüccarlar vesilesiyle yayıldığı görüşü kastedilmiştir.  Mesafenin uzak olması, kültürel farklılıklar ve aralarındaki ilişkilerin devamlı aynı düzeyde olmaması nedeniyle Doğu Türkistan coğrafyasına İslâm’ın deniz yolu ile Çin toprakları üzerinden yayıldığını kabul etmek biraz zordur. Kara yoluyla olması daha makuldür. Nitekim bölgenin Müslüman coğrafyası ile doğrudan komşu olması ve aynı kültürü paylaşan halkların varlığı bilinen bir gerçektir.

Doğu Türkistan’a İslâm’ın kara yolu üzerinden yayıldığını kabul edenler arasında da görüş ayrılıkları vardır. Başta Arapça kaynaklarda, Emevîler’in Mâverâünnehir valisi Kuteybe’nin (ö. 96/715) Kaşgar’a kadar geldiği ve onun gücüyle Doğu Türkistan halkının İslâm’ı kabul ettiği görüşü yaygındır. Burada iki farklı görüş vardır: Birincisine göre Kuteybe, Kaşgar’a kadar gelmiştir. Ama Kuteybe kısa sürede yenilerek geri dönmüştür.  İkinci görüşe göre Kuteybe, Fergana’dan Kaşgar’a giden vadiye kadar gelmiş, oradan Qing Hanedanı’nın başkentine elçi göndermiş ve bu süreçte han sarayından gelecek haberi beklemiştir.  Bu görüşe göre Kuteybe bu yolculuğu esnasında Kaşgar’a kadar gidememiş, Fergana’dan dönmüştür. Her ne kadar İslâm tarihçilerinden bazıları, “Kuteybe, Kaşgar’a kadar varmış, o dönemde Kaşgar Çin’e bağlı idi ve Kuteybe, Kaşgar’dan Çin hükümetini haraca bağlayarak geri dönmüştür.” deseler de bu görüş gerçeği yansıtmamaktadır. Ayrıca Kuteybe’nin Kaşgar’a vardığını söylenen tarihler, bölgenin Ulu Göktürk İmparatorluğu’na bağlı olduğu tarihlerdir ve onların Çin hükümdarı ile olan ilişkileri bozuktur. Kuteybe bu dönemde Kaşgar’a varmak bir yana Batı Türkistan’ın da tamamını ele geçirememiştir. İlgili rivayetler ise güvenilir değildir.

Diğer yandan Kuteybe’nin katı tutumları yüzünden Türk yurtlarının Müslümanlaşma süreci uzamış, onun bazı şehirleri ateşe vermesi ve ele geçirdiği memleketleri yağmalaması bölgede ters etki oluşturmuştur. Bu sebeple olsa gerek, Kuteybe öldükten sonra Asya’da İslâm’ı sözde kabul eden birçok halk, eski dinlerine dönmüştür.  Burada bahsedilen durum sadece Kaşgar havalisi için söz konusudur. Doğu Türkistan’ın diğer bölgelerinde durum farklıdır. Genelde Doğu Türkistan’ın İslâmlaşma sürecinden bahsedildiğinde üzerinde en fazla durulan hususlardan biri de Karahanlı Sultanı Satuk Buğra Han’ın İslâm dinini kabul etmesiyle bölgede yaşanan gelişmelerdir. Burada şu husus bilinmelidir ki Doğu Türkistan Türklerinin İslâmiyet’le buluşmaları sadece Buğra Han’ın İslâm’ı devlet dini olarak kabul etmesiyle olmamıştır. Yerli halk, farklı vesileyle çoktan İslâm ile tanışmış bulunmaktadır. Nitekim Kuteybe her ne kadar Kaşgar’a kadar gidememiş olsa da genel olarak Türk boylarının yaşadığı komşu ülkelere kadar gitmiş ve oralarda erken bir tarihte İslâm dininin halkın gündeminde yer almasını sağlamıştır. Ayrıca yerli halk, Doğu Türkistan’ın birçok şehrinden geçen tarihî İpek yolu ağlarıyla Bağdat, Hint Alt Kıtası ve diğer Türk yurtlarıyla sürekli iletişim halindedir. Karahanlı Devleti, hakimiyetini pekiştirdikten sonra 962 yılından itibaren Buda inancını yaygın olarak benimsemiş olan Hoten Hanlığı ile fetih savaşları başlattı. Bu savaşlar 40 sene sürmüş olup, bölgenin fethi ancak 1006 yılında tamamlanabilmiştir.

Doğu Türkistan’ın doğusundaki Uygular ise geniş kapsamlı olarak ancak Moğollar döneminde İslâm ile tanışmışlardır. Zira o dönemde siyasî ve sosyal açıdan büyük bir dağılma sürecine girmiş, bu vesile ile yıllar önce İslâm kültürünün iyice yerleştiği bölge halkları ile daha yakından tanışma fırsatı bulmuşlardır. Zamanla İslâm’ı kabul eden Çağatay devlet adamları sayesinde bölgede kurumsal İslâm kültürünün gelişmesi hız kazanmıştır. Cengiz soyundan gelen Müslüman Moğolların öncülüğünde Doğu Türkistan’ın güneyinde kurulan Saidiye Hanlığı (1514-1762) ile bölge Müslümanları ikinci altın çağlarını yaşamışlardır. Bölgedeki dinî durum, Cunggarlar’ın 1680 yılında Tanrı Dağları’nın güneyini istila etmelerine kadar böyle devam etmiştir. Bu süreçte bölgeye hâkim olmak isteyen tarikat grupları arasındaki kavgalar 1755 yılında Qing Hanedanı’nın Doğu Türkistan topraklarını işgaline zemin hazırladı ve böylece yabancıların sömürge alanına dönüştür. 1949 yılında komünist Çin hükmetti tarafından işgal edilince büsbütün bölge idaresini kaybetmiştir. Yavaş yavaş eski dini kurumlar ortadan kaldırılmış, dine ait olan her şey gericilik olarak kabul edilmiş ve yok olmaya mahkûm edilmiştir.

Günümüz Çin kaynaklarının ifadesine göre 20. yüzyılın ortalarında Doğu Türkistan’da İslâm dininin dışında az sayıda Buda, Tao, Katolik Hristiyan ve Slav hukuku ya da töresi anlamına gelen Pravoslavie (Rusça Ortodoksluk anlamına gelmektedir) inancı mevcuttur. O zamanlarda bölgedeki Uygur, Kazak, Hui, Kırgız, Özbek, Taciklerin büyük çoğunluğu İslâm dinine; Çin, Moğol, Şibe, Dağur halkların büyük bir kısmı Buda dinine; Çinlilerin bir kısmı Tao ve Hristiyan dininin farklı mezheplerine; Ruslar Pravoslavie dinine ve bölgede yaşayan bazı Şibe ve Mançu halkları ise Şamanizm’e inanmaktadır. Ancak İslâm dinine inananların sayısı daha çoktur. Doğu Türkistan’da, komünist işgalinin başladığı ilk yıllarda mescit ve başka dini faaliyet alanlarının sayısı oldukça yüksektir. Siyasi güç ellerinde olmamakla birlikte dinî kurumlar toplumun her alanına hâkim durumdaydı. Hatta bu durum Toprak Reformu yasasına bağlı olarak 1953-1957 yılları arasında önemli ölçüde kısıtlandı. 1958 yılı Merkez Komite Birlik Cephesi Bölümü’nün toplantısında alınan karar gereği geçmişten gelen dinsel mekân ve dinî ritüellerin tamamı yasaklandı. Hatta geçmişe dönük büyük cezalar uygulandı.  Günümüzde ise Çin Komünist Partisi’nin (ÇKP) müsaade ettiği ölçüde dinî faaliyetler var olabilmektedir.

Doğu Türkistanların sosyal yaşamlarında Şiîliğin birçok unsurunu görmek mümkünse de bölgede yaşayan Müslüman halklar genelde Sünnî düşünceye bağlıdır. Onun için halk içinde yaygın olarak kullanılan Hz. Ali Cenknâmeleri, On İki İmam’ın gerçekleştirdiği fetih hareketlerine ilişkin efsaneler ve Şiîlik imgeleri içeren destanlar temel akaid ve hukuk kurallarına yansımaz. Çinli araştırmacıların 1982 yılında yayınladığı bir rapora göre Şiîlik, Doğu Türkistan’da neredeyse tamamen yok olma noktasına gelmiştir. Taciklerden az sayıda İsmâiliye mezhebine intisap etmiş kimseler bulunmaktadır. Bunlar ise devlet tarafından desteklenmiştir. Ayrıca adı geçen raporda, Doğu Türkistan’ın birkaç bölgesinde Vahhabîliğin filizlenmeye başladığına dikkat çekilmiştir.  Bu durumun, ilerleyen süreç içerisinde Çin’in dış açılım politikası sürecinde hızlı bir gelişme kaydettiğini söylemek mümkündür.

ÇKP’nin başka bir raporunda, otuz yıldan beri Doğu Türkistan’da ateizm propagandası yapıldığı fakat İslâm dininin Uygurları kendine çekme gücünün sanıldığından daha büyük olduğu ifade edilir. Ayrıca ilgili rapor, 1982 yılının Eylül ayında bölge halkına kendi dillerini kullanma haklarının geri verilmesiyle ilgili yasanın büyük bir hata olduğunu ve bunun sonucu olarak Doğu Türkistanlıları asimile etme çabalarının en önemli noktasında zarar gördüğünü söyler. Dolayısıyla zaman zaman bir gevşeme gözlemlense de Doğu Türkistan’da İslâm dini sürekli komünist düşüncenin rakibi ve yok edilmesi gereken hedefi olarak görülmüştür. Devlet bu bağlamda, dini inancın komünist ideolojiye evirilmesi için her fırsatı değerlendirme gayreti içerisinde olmuştur.

Yeri gelmişken yenilikçi veya cediditçi düşüncenin etkileri üzerinde biraz durmak gerekir. Tarihsel süreçte Uygur toplumunun Cedîdizimle tanışması, Qing Hanedanı’nın Doğu Türkistan’ı işgaline rastlar. Bu dönem ise dünya siyasetinde ülke sınırlarının oldukça hızlı bir şekilde değişmeye başladığı dönemdir. Aynı tarihlerde Hint Alt Kıtası ve Mısır, İngilizler tarafından işgal edilir. Bunlara paralel olarak, Batı Türkistan toprakları Çarlık Rusya’sının sömürgesine mahkûm olmuştur. Bunlar aslında dinî düşüncenin seyrinde büyük değişimlerin ortaya çıkmasındaki temel nedenlerden biri olarak görülebilir. Hindistan’da Şah Veliyyulllah ed-Dihlevî (öl. 1762), Kazan’da Abdunnasir Kursâvî (öl. 1812), Mısır’da Cemâlüddîn Efgânî (öl. 1897), Şihâbüddîn el-Mercânî (öl. 1899), Bahçesaray’da Gaspıralı İsmail (öl. 1914), Rizaeddîn Fahreddin (öl. 1936), Mısır’da Muhammed Abduh (ö. 1905), Cemaluddin Afganî (ö. 1897) ve Reşit Riza (ö. 1935) gibi şahsiyetlerin etkileri modern Müslüman toplumun hayatında yaygın bir şekilde kendini gösterir. Doğu Türkistan ulemasının da bu bağlamdaki doğup gelişen reformcu düşünceden ayrı kalamadığı görülür. Zira Mısır, Türkiye, Kazan ve Hindistan’ın ilim merkezleri Doğu Türkistanlı ilim talebelerinin uğrak noktalarındandır.

Türkistan coğrafyasında Kursâvî, Hint Alt Kıtasında Dihlevî’nin taklide karşı Kur’ân ve hadislerin yeniden yorumlanmasının gerekliliğini vurgulayan görüşleri ile medrese programlarının ıslah düşüncesi daha sonraki aşamada büyük bir çabayla sürdürüldü. Onlara karşı gelenekçi ulema da tedrisatları boyunca dinde içtihat kapısının kapandığını, yeni içtihatlara gerek olmadığını, Kur’ân ve hadis üzerinde önceki ulemanın söylemediği şeylerin söylenmemesi gerektiğini şiddetle savunmaktaydı. Bölge medreselerinde Arapçanın yanında Farsça okutulması, hatta dinî metinlerin önce Farsça sonra yerel dilde öğretilmesi adet olmuştu. Bu süreçte ise yenilikçi ulema eğitim öğretimin yerel dilde olmasını önemsedi. Gelenekçi ulema yeni eserler yazma yerine geçmişten miras aldığı eserlerin öğretilmesinden yanaydı. Dolayısıyla bu süreçte yazılan eser ve yapılan yayınlar ekseriyetle yenilikçi/Cedîdçi ulemanın ürünüdür. Kur’ân ve hadis kaynaklarının tercümeleri, tefsirler, dinin farklı konularını ele alan müstakil çalışmalar ve halkı uyandırmaya yönelik düşünsel yayın yapan dergiler bu dönemde hız kazandı. Dolayısıyla Cedîdizim sahasında doğrudan Kur’ân ve hadisleri gündeme alan çok sayıda eser yazıldı. Bunlardan bazıları Kur’ân tercümeleridir. Bu durum çağdaş Uygur toplumunun din anlayışında da önemli etkiler oluşturmuştur. Geçmişi körü körüne taklit Abdulkadir Damolla, Muhammed Zarif ve Ahmed Ferid Abbasî gibi Doğu Türkistan uleması tarafından da reddedildi. Eğitim alanında da Gapralı İsmail’in önerdiği usul-ü cedid şiddetle benimsendi. Diyobend Medresesilerinin Doğu Türkistanlı müntesiplerinden Hüseyin Han Tecelli’dir (öl. 1927) de bu tür gelişmelerde destek oldu. Kendisi aynı zamanda Kur’ân-ı Kerîm’i 1910’lu yıllarda Uygur Türk lehçesine tercüme etmeye teşebbüs edenlerin başında gelir. İlerleyen süreçte birçok ulema tarafından Türkçenin Doğu Türkistan lehçesinde tercüme ve tefsirleri hız kazandı ve bunun sonucunda epeyce geniş bir literatür oluştur.

Ezelden Türk yurdu olan Doğu Türkistan’da yaşayan yerli halk, tarih boyunca birçok dini maneviyat duygularını tatmin eden bir yol çare olarak kabul ettiler. Bu bağlamda siyasî, içtimâi ve felsefi olarak önemli gelişmeler kaydettiler. Devlet kurdu, sanatsal faaliyetlerde bulundu, eserler yazdı ve sürekli olarak en iyi olana ulaşma gayreti içerisinde oldular. İslâm öncesinden miras aldığı mimarî ve edebî sahadaki başarılarını münasip şekilde İslâm’a geçtikten sonra da sürdürdüler. Kaşgarlı’nın Divanu Lugati’t- Türk, Yûsuf Has Hâcib’in Kutadgu Bilig gibi eserler önceki dönemden devralınan kitabet, yönetim ve felsefi bakış açısından birer numunesidir. Haklı olarak bazı araştırmacılar Türkistan’da Farabî, Kaşgarlı Mahmud ve Yusuf Hâcib gibi isimlerin Rönesans’ı Avrupa’dan yıllar önce başlatmış olduklarını söylemektedirler. Bu şahısların her biri kendi alanlarında yaptıkları çalışmaları ile dünya İslâm medeniyet hazine- sine önemli katkılar sunmuşlardır.

İslâmî dönemde Kaşgar’da kurulan tam teşekküllü medreselerin yanında kütüphanecilik faaliyetlerinin de yine çok erken dönemde kurulmaya başlandığını öğrenmekteyiz. Cemal Karışî (v. 702/1303’ten sonra), kendisinin Mülhakatü’s-Surah adlı eserinde Kaşgar’da kurulmuş Saciye Medresesinden bahseder. Kendisi ilavede bulunmak istediği Cevherî’nin eş-Surah mi- ne’s-Sıhah adlı eserini yoğun aramalar sonucunda, Sultan Satuk Buğrahan tarafından inşa edilen bu medresesinin kütüphanesinde bulduğunu bildirmektedir. Karahanlılar döneminde Satuk Buğrahan’ın daveti üzerine Maveraunnehir, Horasan ve Afganistan bölgesinden çok sayıda din adamı davet edildiği ifade edilir. Buna benzer pozitif gelişmeler sayesinde Ebû Nasır Samanî (350/961), Ebu’l-Hasan Said Hatem ve  Said Celaleddin el-Bağdadî, Huseyn b. Halef  el-Kaşgarî, Cemaleddin Kaşgarî, İmamuddin  Kaşgarî, Abdulgaffar b. Huseyn el-Kaşgarî  (476/1083) ve Muhammed b. Reşid b. Ali el- Kaşgarî (476/1083) gibi zatlar bu medreselerde  müderrislik yapmışlardır. Bu maya Doğu Türkistan’ın zorlu yıllarında dahi kaybolmamış, bölge halkı geçmişten aldığı güçlü her fırsatta kendi kökleri üzerinden ayağa kalkmış, İslâm dininin doğudaki kalesi koruma vazifesini icra etmeye çalışmıştır. Kendi yörelerinde önemli eserler bırakmışlardır. Bilindiği üzere dünyada İslâmî kurumların birer birer yıkılmaya başladığı yıllarda bile İslâm Cumhuriyeti adında bir devlet kurmuşlardır. İslâm’ın en şiddetli düşmanı olan komünist rejime karşı hayatları pasına direnmiş, dini kimleri ile günümüze kadar varlıklarını sürdürmeye devam etmektedirler.